Третья Тибериумная Война началась неожиданно для GDI. Войска Nod провели успешную операцию по атаке на Годдардский Космический Центр, лишив GDI возможности использовать свое противоракетное оружие… Как раз в это время на космической станции Филадельфии проходило собрание лидеров GDI во главе с его исполняющим директором… Почти сразу же после атаки на Годдард, войсками Братства была запущена ракета с ядерным зарядом, которая беспрепятственно преодолела отключенный рубеж защиты и уничтожила станцию… Воспользовавшись смятением, среди командования GDI, Братство провело успешное наступление на Северную Америку, захватив большую территорию, и внеся еще большее расстройство в войска GDI. Однако войска GDI оправились от удара, перегрупировались, и смогли выбить Братство с захваченных им позиций.
Позже, GDI стало известно о том что разработка Братством ракеты с жидким тибериумом почти завершена – и предприняли попытку уничтожить или захватить это оружие… Однако, кроме базы НОД в Африке, которую атаковали GDI, была еще одна в Южной Америке, и именно оттуда сверхмощные ракеты были доставлены в восстановленый Храм НОД в Сараево.
GDI узнав об этом, и о том что Кейн тоже скрывается там, начало штурм Храма, и наконец уничтожило системы, защищавшие Храм от удара из космоса. Сразу же после этого по Храму НОД выстрелила Ионная пушка… Правда Кейна там уже след простыл, зато была бомба с жидким тибериумом, которая от попадания ионной пушки сдетонировала, причиняя огромные разрушения, уничтожив несколько миллионов жителей восточной Европы, и добавив в Красную Зону еще немного территории…
Но кроме всего прочего, взрыв этой бомбы был знаком для инопланетян – Скринов, для начала вторжения на Землю…
Скрины, воспользовавшись внезапностью сумели хорошо закрепится на Земле, и подготовить плацдарм для дальнейших операций… Однако войска НОД и ГДИ быстро оправились от неожиданности и заключили временное перемирие. В ходе заключения перемирия в командной верхушке НОД возникли некоторые разногласия по поводу союза с ГДИ. Кейна появился во время заключительного этапа операции войск НОД и ГДИ по эвакуации Сиднея. Войска НОД немедленно атаковали своих недавних “союзников” тем самым завершив перемирие. Кейн обьявил командующую Киллиан Катар предательницей и отправил войска для ее захвата. Вскоре после захвата она была убита лично Кейном.
Началось сооружение Скринами огромных “вышек” – спиралеобразных строений, уходящих высоко в небо. Кейн определил новый путь для Братства – “вышки” должны были открыть им путь во Вселенную. Братство смогло добыть “ключи управления” для этих сооружений, но возникла новая проблема – войска ГДИ повсеместно принялись уничтожать эти самые “вышки”. Кейн поставил войскам НОД задачу – любой ценой оборонять вышки. В конце концов Братство таки сумело сохранить последнюю из “вышек”.